O segundo estágio de descontaminação envolve o volume total de solos, incluindo os solos lavados e os solos com contaminação residual.

A bioremediação consiste no controle e a manipulação de processos biológicos microbianos “in situ” de forma a conseguir-se uma elevada taxa de degradação dos poluentes.

Por um lado são aditivados compostos específicos de enzimas e consórcios microbianos, seleccionados na natureza, com capacidades aumentadas e desenvolvidas de degradação de compostos petrolíferos difíceis de degradar e por outro lado fomentam-se as melhores condições para o desenvolvimento dos microorganismos endógenos como adição de compostos reguladores de pH, nutrientes e nível de humidade.

É fundamental a realização prévia de ensaios de tratabilidade, com simulação em laboratório e avaliação da eficácia do tratamento e dosagens adequadas, com utilização de técnicas de respirometria.

Durante o processo de biodegradação a distribuição de ar é feita por tractor/arado com revolução periódica das terras. De igual modo são repostos periodicamente os níveis aconselhados de humidade, nutrientes e pH, e microorganismos.